Rodák z Pardubíc je odchovancom tamojšieho hokeja, ale seniorský debut zažil v Šumperku. Následne pôsobil v Hradci Králové aj v Prostějove a až potom sa vrátil do Dynama Pardubice, kde nastupoval štyri sezóny, aby sa v ročníku 2009/10 dostal na Slovensko.

Päť a pol roka bol súčasťou HC Košice, s ktorým získal až štyri majstrovské tituly a zahral si Ligu majstrov. V slovenskej najvyššej súťaži odohral Michal Šeda 380 stretnutí, v ktorých strelil 14 gólov a pridal 56 asistencií.

Ročník 2015/16 strávil znova v Pardubiciach a posledné tri sezóny odohral za francúzsky Mulhouse. Počas kariéry si s Dynamom zahral aj na slávnom Spengler Cupe.